Ich hatte kürzlich auch so ein Knacken und Knistern aus dem Heck. In dem Fall war es aber schlicht Eis zwischen Heckklappe und Karrosserie. Da sich das Fahrzeug während der Fahrt permanent leicht verwindet, waren die Geräusche da. Nachdem der Wagen eine Weile in der Sonne geparkt war, waren sie weg.
Spricht eher dafür, dass das doch die Gummipuffer waren, weil die eben nur in kaltem Zustand keinen Kontakt zueinander haben, sofern man nicht einen zweiten Satz Unterlegscheiben nutzt. Wenn die Karosse warm genug ist, dann haben die Kontakt und es klappert nicht.